小区一期违建不能办证，是否会影响二期办证，需要具体问题具体分析，这与主管部门的办事风格也有很大关系。
办理不动产证需要具备哪些条件？
房地产开发项目流程比较复杂，手续繁多，每一个主要环节都不能有重大瑕疵，否则就可能影响办证。
房地产开发项目在能够办理不动产证（多数人还是习惯叫房产证）之前，必需满足以下三个条件：
一是项目报建手续齐全，已合法取得建设用地规划许可证、国有土地使用证、建设工程规划许可证、建设工程施工许可证和商品房预售许可证，以及其他相关手续。
二是工程完工，已通过综合竣工验收，并完成了相关备案手续。
三是开发商已办理项目的初始登记手续，取得项目初始登记证明。
开发商取得了初始登记证明（亦称首次登记证明），即是完成了整个项目的不动产登记，也就是拿到了大证。然后再通过申请不动产转移登记，就可以给购房者办理不动产权证了。
以上三个条件缺一不可，任何一个不满足都办不了证。
一期违建对二期有何影响？
一期的违建是否会影响二期，主要是看违建的性质。违建一般是指以下几种情况：
1、未取得主管部门的许可而建造的建筑，包括用地许可、规划许可、施工许可等；
2、擅自改变规划许可的内容、或者超出规划范围建造的建筑；
3、擅自改变了用地性质建造的建筑；
4、通过伪造相关资料骗取相关许可而建造的建筑；
5、过了使用期限没有拆除的临时建筑等。
对于违章建筑往往会根据情节采取不同的处理方式，通常有四种处理办法：
一是对违章建筑予以拆除，恢复原貌。一般是违规用地、违反城乡规划的建筑。
二是手续不齐全的，责令补办相关手续，比如没办理施工许可证。
三是罚没违章建筑。
四是罚款处理。
从理论上讲，如果一期的违建不是涉及违规用地、或者其它严重情节，一般不应影响二期的报建。只要二期能够满足办证的三个条件，还是可以办理不动产权证的。
但是，这里面存在一定的风险。主管部门有可能会采取一期的问题不解决，停办整个项目的相关手续这样的惩罚措施。这样一来，就会影响到二期了。如果一期的违建只是需要补办手续或者通过罚款就能解决还好，无非就是耽搁点时间，最终还是能办证。但如果是性质严重的违建，那就比较麻烦了。所以，对于这样的项目，还是要慎重，购买之前一定要了解清楚一期违建的性质和可能的处理结果。应以尽量规避为宜。
